• Print ISSN:
      1880-7593
      Publisher:
      北海道大学低温科学研究所

+ More

溶質周囲の水分子の協調運動と溶質に及ぼす影響

緒方, 浩二

低温科学, 2026, 84, 85-91

Permalink : https://doi.org/10.14943/lowtemsci.84.85

このアイテムのアクセス数:138件（2026-10-12 04:06 集計）

閲覧可能ファイル 

ファイル フォーマット サイズ 閲覧回数 説明
09_p085-091_LT84 pdf 3.36 MB 92

論文情報

ファイル出力 EndNote Basic出力 Mendeley出力

アクセス権
open access
DOI
https://doi.org/10.14943/lowtemsci.84.85
URI
https://hdl.handle.net/2115/99020
タイトル
溶質周囲の水分子の協調運動と溶質に及ぼす影響
Cooperative dynamics of hydration water and their influence on the solute
著者
著者名
緒方, 浩二
Ogata, Koji
言語
日本語
キーワード
水分子
水和殻
協調運動
分子動力学シミュレーション
Water molecules
Hydration Shell
Cooperative dynamics
MD simulation
発行日
2026-03-10
出版者
低温科学研究所
収録物名
低温科学
Low Temperature Science
巻(号)
84
ページ
85-91
抄録
生体高分子（例えば蛋白質）の周囲には多数の水分子が存在しており，それらの挙動を明らかにすることは，物理化学的プロセスや生命現象の理解に極めて重要である．蛋白質周囲の水分子は，相互作用によって運動が制限される領域（Hydration Shell）が存在するが，その内部の水分子構造については十分に理解されていない．我々は，MDシミュレーションを用いて蛋白質周囲の水分子を解析した．その結果，Hydration Shell 領域において水分子集団が協調的に運動していることが明らかとなった．さらに，Na+ および Cl– を含む単純化した水和系のシミュレーションにより，Hydration Shell 内の水分子は酸素原子と水素原子がそれぞれ多く含まれる層状構造を形成していることが確認された．
A large number of water molecules surround biomacromolecules, such as proteins, and elucidating their behavior is crucial for understanding physicochemical processes and biological phenomena. Around proteins, a region known as the hydration shell exists, in which water molecule motions are restricted through interactions; however, the structural characteristics of water molecules within this region remain poorly understood. In this study, we employed molecular dynamics (MD) simulations to analyze water molecules surrounding proteins. The results revealed that, within the hydration shell region, water molecule ensembles exhibit cooperative motion. Furthermore, simulations of simplified hydrated systems containing Na+ and Cl– ions demonstrated that water molecules in the hydration shell adopt a layered structure, in which oxygen and hydrogen atoms are enriched in distinct layers.
資源タイプ
紀要論文
出版タイプ
Version of Record
PISSN
1880-7593