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メタボローム技術で得られる代謝経路不明な多数の化合物の組み合わせから経路を予測する手法の開発
| Title: | メタボローム技術で得られる代謝経路不明な多数の化合物の組み合わせから経路を予測する手法の開発 |
| Authors: | 小寺, 正明 Browse this author |
| Issue Date: | Jun-2011 |
| Publisher: | ERATO湊離散構造処理系プロジェクト |
| Citation: | 2010年度科学技術振興機構ERATO湊離散構造処理系プロジェクト講究録. p.193-203. |
| Abstract: | 生体内での存在が確認されているがその生合成・生分解経路の不明な化合物（orphanmetabolites）は多く知られており、近年のメタボローム関連技術の発達によりその数はますます増えることが予想される。過去の研究では、そのようなorphanmetabolitesの組み合わせから可能な酵素反応式を構築し、それらに適切な酵素番号（EC番号）を推定する手法を開発した。KEGGデータベース中に登録されている任意の２つのorphanmetabolitesに対して二次元化学構造比較（化学アラインメント）を行い、既知の酵素反応式を構成する部分反応式との照合を行うことで、可能性の高い酵素反応式を構築した。既知の酵素反応式を用いたクロスバリデーションでは77%の酵素反応式を再構築することができた。再構築できなかった式の多くは、具体的な化学構造を持たない化合物を含むものであった。構築された反応式の妥当性チェックとEC番号推定にはランダムフォレスト（random-forest）が用いられ、クロスバリデーションで98%の精度を得た。ここで開発した手法の欠点のひとつは、酵素反応式の構築方法が非効率であるため膨大な計算時間を要求することである。今回の発表では、この研究の背景や手法について説明した後、問題点やその解決案について紹介する。 |
| Description: | ERATOセミナ2010 : No.32. 2011年1月21日 |
| Conference Name: | ERATOセミナ |
| Conference Sequence: | 2010 |
| Type: | conference presentation |
| URI: | http://hdl.handle.net/2115/48442 |
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