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A Genome-Wide Association Study Identified AFF1 as a Susceptibility Locus for Systemic Lupus Eyrthematosus in Japanese

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97_journal.pgen.1002455.pdf419.8 kBPDF見る/開く
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タイトル: A Genome-Wide Association Study Identified AFF1 as a Susceptibility Locus for Systemic Lupus Eyrthematosus in Japanese
著者: Okada, Yukinori 著作を一覧する
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発行日: 2012年 1月26日
出版者: The Public Library of Science
誌名: PLoS Genetics
巻: 8
号: 1
開始ページ: e1002455
出版社 DOI: 10.1371/journal.pgen.1002455
抄録: Systemic lupus erythematosus (SLE) is an autoimmune disease that causes multiple organ damage. Although recent genome-wide association studies (GWAS) have contributed to discovery of SLE susceptibility genes, few studies has been performed in Asian populations. Here, we report a GWAS for SLE examining 891 SLE cases and 3,384 controls and multi-stage replication studies examining 1,387 SLE cases and 28,564 controls in Japanese subjects. Considering that expression quantitative trait loci (eQTLs) have been implicated in genetic risks for autoimmune diseases, we integrated an eQTL study into the results of the GWAS. We observed enrichments of cis-eQTL positive loci among the known SLE susceptibility loci (30.8%) compared to the genome-wide SNPs (6.9%). In addition, we identified a novel association of a variant in the AF4/FMR2 family, member 1 (AFF1) gene at 4q21 with SLE susceptibility (rs340630; P = 8.3×10^-9, odds ratio = 1.21). The risk A allele of rs340630 demonstrated a cis-eQTL effect on the AFF1 transcript with enhanced expression levels (P<0.05). As AFF1 transcripts were prominently expressed in CD4+ and CD19+ peripheral blood lymphocytes, up-regulation of AFF1 may cause the abnormality in these lymphocytes, leading to disease onset.
記述: This is an open-access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License, which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original author and source are credited.
資料タイプ: article
URI: http://hdl.handle.net/2115/62850
出現コレクション:雑誌発表論文等 (Peer-reviewed Journal Articles, etc)

提供者: 小池 隆夫

 

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